La religión fue fundamental para el mantenimiento del Imperio, pues las doctrinas dirigidas a esta sociedad eran las mismas de la sociedad romana. Justiniano trató de usar la religión para unir el mundo oriental y occidental.
El cristianismo ocupaba un lugar destacado en la vida de los bizantinos y podía ser observado, incluso, en las más diversas manifestaciones artísticas. Las catedrales y los mosaicos bizantinos se encuentran entre las obras de arte y la arquitectura más hermosa en el mundo.
Los monjes, además de ganar mucho dinero con la venta de iconos, también tenían fuerte poder de manipulación sobre la sociedad. Sin embargo, incomodado con este poder, el gobierno prohibió la veneración de imágenes, a no ser la de Jesucristo, y decretó la pena de muerte a todos aquellos que las adorasen. Esta guerra contra las imágenes se conoció como la cuestión de Iconoclasta.
El emperador pasó a ser considerado el principal jefe de la Iglesia. Despreciaban las imágenes, podían adorar a Dios, cuya imagen tampoco podía ser reproducida.
Al cuestionar los dogmas cristianos clavados por el clero que seguía el Papa de Roma, dieron origen a algunas herejías – corrientes doctrinales discordantes de la interpretación cristiana tradicional.
Se creó una diferencia entre el imperio de oriente y de occidente centrada por las disputas entre el emperador y el Papa ya que el emperador paso a ser el principal jefe de la iglesia en oriente y en occidente fue el Papa ambos poderes se vieron enfrentados y culminaron en la división de la Iglesia, en 1054, creando una cristiandad occidental, encabezada por el papa y una oriental, encabezada por el emperador. Este hecho recibió el nombre de Cisma de Oriente.
